A literatura internacional se refere a 12 fungos e 1 vírus como patógenos associados a sementes de girassol, além de 11 fungos patógenos fracos ou saprófitas. No Brasil, foram constatados 22 fungos com potencial patogênico e 14 normalmente referidos como saprófitas; os mais importantes são Alternaria helianti, Sclerotinia sclerotiorurn, Phomopsis sp., Sclerotium rolfsii, Macrophomína phaseolina, Rhizoctonia solani, Botrytis cinerea, Verticillium sp., Botryodiplodia theobromae, A. zinniar, A. tenuis, Fusarium semitectum, F. solani, E. equiseti, E. moniliforme, Phoma sp., Didymella sp., Colletotrichum dematrium, Colletotrichum sp., Cercospora sp., Corynespora sp. e Drechslera rostrata. Os dois primeiros se destacam pela freqüência que ocorrem ou pelos danos causados à cultura; Plasmopara halstedii, embora ainda não constatado associado à semente no Brasil, já ocorre em nossas condições e apresenta importância potencial. Para detecção à identificação da microflora fúngica associada à semente, recomenda-se o método do papel de filtro com congelamento e com assepsia superficial. Para tratamento de sementes, recomenda-se thiabendazol (14g) + carboxin (7g) por quilo de semente.