Cerca de setenta espécies de fungos estão assinaladas em sementes de caupi originárias de diversos estados brasileiros. Destas, comprovou-se patogenicidade de: Botryodiplodía sp., Colletotrichum Iindemuthianum, Curvularia Iunata (anomalias nas plântulas), Fusarium oxysporum, Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, F. semitectum, Macrophomina phaseolina e Phomopsis sojae. Também certas viroses são reportadas, sendo seus estudos realizados, principalmente, na Universidade Federal do Ceará e na Universidade de Brasília. Em 1982, assinalou-se no Estado do Piauí uma doença causada por Xanthomonas vignícola, que, provavelmente, é transmitida por esta via também. A metodologia empregada para detecção de fungos em sementes de caupi no Brasil, não tem sido uniforme. Em essência, como substrato se tem utilizado o meio de Batata-Dextrose ? Agar (às vezes com antibióticos) e o papel de filtro umedecido, com variações quanto ao pré-tratamento das sementes e nas condições de incubação. Em termos de controle, os levantamentos têm mostrado variações na ocorrência de patógenos em diferentes cultivares, destacando-se Pitiuba, Sete Semanas, Potomo, Sempre Verde, Canapu e Amarelão como as menos afetadas. Quanto à ação de produtos químicos, ?in vitro? ou no tratamento de sementes, os fungicidas Benomyl, Captafol e Thiran mostraram-se os mais eficientes, melhorando inclusive o poder germinatívo.