Este trabalho objetivou detectar a incidência de espécies de fungos de armazenamento em lotes de sementes de soja descartados no Estado de Minas Gerais, bem como relacionar o nível de atuação destes fungos como causa de baixa qualidade das sementes. A incidência dos fungos de armazenamento foi avaliada através da incubação das sementes em meio ágar-salino e em papel de filtro. Foram detectados, identificados e quantificados os seguintes gêneros e espécies: Aspergilius candidus, A. flavus, A. glaucus (Grupo), A. niger, A. ochraceus, A. restrictus e Penicillium spp. O maior índice de ocorrência foi encontrado nas amostras de sementes da região do Triângulo Mineiro, onde a maioria dos lotes apresentou germinação abaixo de 75%. Embora tenha sido detectada uma freqüência relativamente alta para muitas das espécies, a ação destes fungos não é a causa principal da baixa qualidade das sementes, uma vez que o coeficiente de correlação entre o percentual de germinação e a incidência dos fungos foi sempre menor que 0,5.