O presente estudo teve por finalidade identificar cultivares de soja (Glycine max L. Merrill) a partir da análise eletroforética das isoenzimas a e b esterase (Est-EC 3.1.11) extraídas a partir do eixo embrionário de plântulas de 34 cultivares após três dias de germinação, no escuro, à temperatura de 25°C. Os resultados obtidos demonstraram que os zimogramas das isoenzimas alfa e beta esterase para os cultivares estudados, apresentaram um grau de polimorfismo semelhante. Através da análise dos zimogramas destas isoenzimas, foi possível a separação das cultivares em cinco grupos. Desta forma, ficou evidente que a eletroforese de isoenzimas pode auxiliar na caracterização de cultivares agrupando-as conforme um perfil isoenzimático específico.