Frutos de baru, cedidos pela EMBRAPA/CPAC, foram coletados em diferentes locais da região do Cerrado e separados por matriz. As sementes aparentemente sadias foram submetidas ao método de incubação em papel filtro e plaqueamento em batata-dextrose-ágar (BDA). As sementes mal formadas e escuras, das diferentes matrizes, foram homogeneizadas em um único lote e submetidas ao método de incubação em papel filtro. Na análise de sanidade das sementes aparentementes sadias, detectou-se os seguintes fungos: Aspergillus niger, Aspergillus flavus, Aspergillus sp., Penicillium sp., Phomopsis sp., Chaetomium sp., Fusarium oxysporum, Fusarium sp., Rhizopus sp., Pestalotia sp. e Trichoderma sp. Neste trabalho verificou-se que os fungos estudados estão distribuídos em diferentes intensidades entre as regiões e entre as matrizes de uma mesma região. As sementes escuras de baru submetidas ao método de incubação em papel filtro apresentaram 62% de Phomopsis sp. Em teste de patogenicidade com Phomopsis sp. Em sementes de baru, a porcentagem de emergência de plântulas foi menor em relação às sementes não inoculadas, provocando tombamento e impedindo a formação de plântulas.