Frutos de caroba coletados entre Brasília e Anápolis, foram separados em duas categorias: frutos que haviam iniciado a deiscência no campo e frutos fechados que completaram a maturação no laboratório. As sementes foram separadas em lotes: sementes não selecionadas, sementes com bordas escuras e sementes com bordas claras. Estas sementes foram avaliadas quanto a incidência fúngica, através dos métodos de incubação em papel filtro e BDA, o poder germinativo através de testes de germinação, em condições de casa de vegetação e em laboratório e a viabilidade através do teste de tetrazólio. Na análise sanitária detectaram-se os seguintes fungos: Phomopsis sp., Lasiodiplodia theobromae, Aspergillus niger, A. flavus, Aspergillus sp., Fusarium sp. e Penicillium sp. A maior incidência de L. theobromae ocorreu em sementes deixadas para completar a maturação no laboratório. Nos três lotes de sementes, a incidência desse fungo foi maior no método de papel filtro. Para Phomopsis sp. a maior incidência foi constatada em sementes com bordas escuras. A germinação das sementes de caroba não foi influenciada nem pela condição de maturação (campo ou laboratório), nem pelo substrato utilizado (rolo de papel ou solo) e sim pelo seu grau de escurecimento das bordas.