Este trabalho teve como objetivo, verificar a interferência de microrganismos, associados a coleoptilos de milho nos padrões eletroforéticos de isoenzimas, os quais são utilizados na identificação de cultivares e certificação da pureza genética. Para isso, parte das amostras de sementes de milho da cultivar C-805, foi inoculada com isolados dos fungos, em separado, de Aspergillus flavus, Fusarium moniliforme e Penicillium spp., outra parte das amostras tratada com a mistura dos fungicidas benlate e tecto 600 e parte não sofreu tratamento (T2). Em seguida as sementes foram acondicionadas em câmara BOD a 25ºC e com 95% de umidade relativa, por um período de 30 dias. Amostras das sementes foram tomadas aos 15 dias (1a época) e aos 30 dias (2a época), para determinação da qualidade fisiológica, sanitária e dos sistemas isoenzimáticos de álcool desidrogenase, malato desidrogenase, esterase, fosfatase ácida, peroxidase e glutamato-oxalacetato transaminase. Para a análise eletroforética foi utilizada uma testemunha (T1), que não permaneceu em câmara BOD para eliminar os possíveis efeitos de câmara. Para os sistemas isoenzimáticos de álcool desidrogenase, malato desidrogenase, esterase, fosfatase ácida, peroxidase e glutamato-oxalacetato transaminase as isoenzimas foram extraídas através do tampão (Tris-HCL 0,2M pH 8,0). Os padrões isoenzimáticos de coleoptilos obtidos de sementes infectadas com Fusarium moniliforme, são alterados quanto as isoenzimas fosfatase ácida, esterase, peroxidase e glutamato-oxalacetato transaminase; enquanto os obtidos de sementes infectadas com Aspergillus flavus e Penicillium spp. são alterados apenas para a isoenzima esterase.