A colheita mecânica da soja acarreta perda de sementes que são deixadas na superfície do solo. Além disso, os impactos dos mecanismos da colheita sobre a semente afetam a sua qualidade fisiológica, de imediato ou de forma gradativa, durante a armazenagem. Visando avaliar a dimensão desses fenômenos, buscou-se determinar os índices de perdas na colheita mecânica e avaliar os efeitos desse processo sobre a qualidade fisiológica das sementes, em três níveis de unidade. Após seis meses de armazenamento, foi avaliada a qualidade fisiológica das amostras e também comparados os níveis de infecção das sementes colhidas manual e mecanicamente. Os dados foram levantados em 41 propriedades das principais regiões produtoras do Estado do Paraná. Em cada propriedade, foram colhidas dez amostras (cinco manual e 5 mecanicamente), determinando-se os seus teores de unidade no momento da colheita. Os resultados acusaram a perda média de 10,2% de grãos deixados no solo após a colheita. A plataforma de corte foi responsável por 84,8% dessas perdas, os mecanismos internos (trilha, separação e limpeza), por 12%, e a perda antes da colheita, por 3,2%. As perdas, o dano mecânico e a incidência de doenças foram significativamente maiores e teores de umidade inferiores a 11,5% do que aquelas observadas na faixa d 11,5 a 14% de unidade. A incidência de danos ocasionados pela colheita mecânica foi significativamente maior do que aquelas ocasionadas pela colheita manual. Após armazenagem, a energia germinativa, o vigor e a germinação normal das sementes decresceram significativamente, para as sementes colhidas mecanicamente. A análise sanitária das sementes após armazenagem revelou maior incidência de Fusarium sp., Alternaria sp. e bactérias, não identificadas, nas amostras colhidas mecanicamente. Em contraposição, a ocorrência de Phomopsis sp. e C. Kukuchii fi maior nas amostras colhidas manualmente.