Avaliou-se o efeito dos herbicidas alachlor e pendimethalin nas doses zero (testemunha), 12,5; 25; 50 e 100mg.ml-1, sobre os fungos presentes em sementes de algodão (Gossypium hirsutum L.) cultivar IAC 22, do ano agrícola 95/96. Os tratamentos foram realizados em placas de Petri plásticas, com três discos de papel de filtro que foram umedecidos com soluções contendo herbicidas; sendo que na testemunha o papel de filtro foi embebido em água destilada e esterilizada. Em cada placa foram colocadas 10 sementes, num total de 200. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com os fatores: herbicidas (dois) e doses (cinco), com quatro repetições. Após sete dias em câmara de incubação à temperatura de 20±2°C com fotoperíodo de 12 horas, foram identificados os seguintes fungos associados às sementes: Colletotrichum gossypii, Botryodiplodia theobrornae e Fusarium spp., que permitiram análise estatística. Os resultados mostraram efeito significativo entre as doses e entre os fungos estudados. Houve diferença entre os herbicidas, mas eles atuaram diminuindo o número de fungos presentes nas sementes.