O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência dos danos mecânicos ocorridos durante o beneficiamento sobre a qualidade fisiológica de sementes de duas cultivares (Paiaguás e Dourados) de soja. Foram obtidas onze amostras, sendo que a primeira foi obtida colhendo e trilhando as sementes manualmente. Para atingir os objetivos do trabalho, as sementes foram avaliadas quanto ao teor de água, germinação danos mecânicos: teste do hipoclorito e tetrazólio (1-8 e 6-8) e vigor: tetrazólio (1-3), envelhecimento acelerado, condutividade elétrica, porcentagem de emergência em campo e índice de velocidade de emergência. Dentre as duas cultivares, as sementes de Paiaguás apresentaram menor porcentagem de danos mecânicos e qualidade fisiológica superior às de Dourados. Para as duas cultivares, verificaram-se variações na qualidade das sementes durante todo o processo de beneficiamento, sendo que a germinação e o vigor foram inferiores aos das amostras colhidas manualmente. O beneficiamento pode aprimorar a qualidade (germinação e vigor) do lote, dependendo da qualidade inicial e da cultivar. Os danos mecânicos ocorrem em cada ponto do beneficiamento e são cumulativos. Os resultados deste trabalho sugerem que: estudos devem ser conduzidos no sentido de aumentar a eficiência do beneficiamento de sementes de soja, otimizando equipamentos e o fluxo ao longo do beneficiamento, para melhorar a qualidade da semente e reduzir os danos mecânicos nesta operação.