O presente trabalho foi desenvolvido nos Laboratórios de Análise e Patologia de Sementes da Universidade Federal de Lavras com o objetivo de selecionar tampões de extração de proteínas e sistemas de isoenzimas que permitissem visualizar variações em perfis eletroforéticos de sementes de milho com diferentes níveis de deterioração. Foram utilizados dois lotes de sementes das cultivares AG-122 e C-901 envelhecidas artificialmente por diferentes períodos. Após o envelhecimento, as sementes tiveram seu perfil determinado por testes de avaliação da qualidade física, fisiológica e sanitária. Os resultados obtidos revelaram que variações eletroforéticas de proteínas e isoenzimas estão associadas ao processo deteriorativo de sementes de milho. O extrator Hepes proporciona melhor resolução na avaliação do nível de deterioração de semente e as enzimas glutamato - oxaloacetato transaminase e sorbitol desidrogenase podem ser consideradas promissores marcadores bioquímicos para avaliação de qualidade de sementes de milho em estádios iniciais de deterioração.