Este trabalho teve como objetivo, verificar a interferência de microrganismos, associados às sementes de milho, nos padrões eletroforéticos de proteínas tipo zeína, os quais são utilizados na certificação da pureza genética de cultivares de milho. Para isso, parte das sementes de milho da cultivar C-805, foi inoculada com isolados dos fungos, em separado, de Aspergillus flavus, Fusarium moniliforme e Penicillium spp., parte tratada com os fungicidas Benomil® e Thiabendazole e parte não sofreu tratamento (T2). Em seguida, as sementes foram incubadas em câmara tipo BOD a 25°C em escuro, com 95% de umidade relativa, por um período de 30 dias. Amostras das sementes foram analisadas aos 15 dias (1ª época) e aos 30 dias (2ª época), para determinação da qualidade fisiológica, sanitária e padrão protéico de zeína. Para a análise eletroforética foi utilizada uma testemunha (T1), em que as sementes não permaneceram em câmara BOD para eliminar os possíveis efeitos de câmara. Para análise eletroforética de proteína foram extraídas a fração zeína das sementes com tampão de extração (12mM de borato de sódio, pH 10, 1% SDS e 2 β-Mercaptoetanol a 2%). Os resultados obtidos permitiram concluir que os padrões protéicos de zeína não são alterados pelos fungos Aspergillus flavus, Fusarium monilliforme e Penicillium spp, quando associados às sementes.