O fungo Alternaria alternata foi quantificado em 75 amostras de sementes de trigo produzidas na região Sul do Brasil, em três Regiões de Valor de Cultivo e Uso (VCU) I, II e III. Duzentas sementes por amostra foram desinfestadas antes de serem emeadas em meio de batata-dextrose-ágar + antibiótico (BDA+A). A sobrevivência do fungo foi determinada em sementes armazenadas em sacos de propileno em armazém de alvenaria durante 180 dias com temperatura do ar entre 18 e 22 ºC e umidade relativa próxima de 60%, com avaliações em intervalos de 45 dias. Foram analisados três lotes de sementes de seis cultivares de trigo. A eficácia de fungicidas carboxim+thiram, difenoconazole, thiram, triadimenol, triticonazole e triticonazole + iprodiona no controle de A. alternatafoi determinada. A. alternatafoi detectado em todas as amostras
analisadas, com incidência média de 39,6%, sendo 48,0%, 34,8% e 35,9%, respectivamente para regiões de VCU1, VCU2 e VCU3. Na região VCU1, considerada mais fria e úmida, houve maior incidência média do fungo, diferindo significativamente das demais. Houve redução média de 49,5% na viabilidade de A. alternatana média das cultivares de trigo durante o período de entressafra, comprovando que as sementes infectadas são fonte de inóculo primário para o fungo. O fungicida triticonazole + iprodiona é eficiente no controle de A. alternata.